经过长期发展，我国海运船队规模已稳居世界第三位，以干货船、液体散货船和集装箱船三大船队为代表，实现了大型化和专业化，抓住海运新一轮调整，船龄结构和大型化水平取得了突破性成就。
面对海运发展新形势，应进一步按照国防安全船队、经济安全船队和商业船队三项要求加强海运船队建设，分类细化发展政策;提升海运协同创新服务动力、能力，推动可持续发展;强化船旗政策，提高国际影响力。
一、构筑与其他大国相当的经济政策，鼓励市场竞争。
商业船队以参与国际海运市场竞争为目标。作为世界海运需求第一大国，海上供应链的高效率有利于我国更加充分利用国际市场、国际资源，而市场竞争有利于持续提高海运供给的效率。因此，我国对商业船队发展应以开放、公平竞争为政策导向，参照其他海运大国制定融资和税收接轨或相当经济政策，制定技术进步政策，激励企业创新海运服务。
1、融资类政策。发展海运投入大，融资一直是海运发展关键，除股东出资、上市融资和银行贷款等商业渠道外，政府通过海运融资政策，降低船舶融资成本，鼓励海运业发展。
例如，德国建立了以税收优惠为基础的最著名的KG船舶融资制度;日本实施了船舶公团、船舶融资利息补贴政策;韩国设立了SIC船舶融资政策;新加坡实行海事金融优惠计划(MFI)，美国实行造船差额补贴、资本储备基金(CRF)和资本建设基金(CCF)，政府融资担保等。我国长期将海运作为一般竞争性服务业，在融资上主要依靠股东出资、上市融资和银行贷款，融资成本高于国际水平，这在计划经济时代以及1988-2010年海运市场处于长周期繁荣背景下，其对海运发展的影响尚不明显。
针对海运市场进入新一轮漫长调整，海运船队融资政策进行了探索，如2009年在天津成立了船舶产业基金、2011年在上海成立了航运产业基金，但没有给予类似德国KG基金的优惠政策，难以解决国内融资成本长期高于其他海运大国的问题;2014年财政部、交通运输部、国家发展改革委、工业和信息化部联合发布了《老旧运输船舶和单壳油轮报废更新中央财政补助专项资金管理办法》，是我国改革开放政策实施以来，对我国海运船队结构调整力度最大的支持政策，有效推动了海运船队结构调整取得了突破性效果。
2、企业所得税选择政策。由于海运供需关系曲线的特殊性、国际海运竞争的全球性，为提高海运国际竞争力，主要海运国家相继建立吨税制，是一个企业所得税税额的计算方式，企业基于对海运市场的判断，企业可选择按照所得税税率缴纳或按吨税计算的税额缴纳，从而降低企业所得税。香港和新加坡虽然没有实行吨税制，但所得税率较低，且相当部分可以申请免税，实际所得税率很低。我国现行企业所得税高达25%，且没有对国旗船队、第三国运输免税，税赋明显高于其他海运大国，应推进海运吨税制，形成大体相当的税赋水平。
3、海员所得税。与其他行业相比，海员具有:
(1)国际性。国际航行期间，海员难以享受国家税收形成的社会公共福利。与其他国家海员同船，受国际规则、国外文化、政治、经济、法律的影响。
(2)离群性。国际海上航行远离祖国、家乡、亲人、企业、社会，牺牲了天伦之乐和社会交往，处在信息闭塞，缺少陆地支援和亲人关爱，孤独性使其在心理、生理上所承受的压力远远大于陆地职工。
(3)海员所得税高一直是困扰我国国际海运发展的重要因素，和其他海运大国相比，要保证海员同等税后收入，我国海运企业实际支付成本高，现行海员所得税政策不利于提高我国海运业国际竞争力。海运具有专业性、风险性、艰苦性和任重性。因此，为鼓励人们从事海运工作，均对海员所得税实行优惠政策(见表2)。
我国是世界海员大国，2015年12月31日，我国共有注册海船船员638990人，国际航行船舶船员470512人(持有国际航行船舶适任证书的船长15478人，轮机长、大副、大管轮、二副、二管轮、三副、三管轮等高级船员115888人，值班水手和值班机工178982人。
二、完善政策机制，建设国防安全船队。
国防安全船队是按照军民融合机制、能够随时响应国家特殊海上战略投送需求力的民用船队。在现代海上战略投送中，国防安全船队具有独特优势，它能够较经济地实现大规模、专业化、现代化的军事运输能力保障，应对海上战略投送需求的多样性、不确定性、不平衡性。鉴于国防安全船队在军民融合方面的优势，大国均对国家安全船队高度重视。
世界第一海军强国美国，依法建立了国家预备役船队(NDRF)，是政府直接控制的船舶，2017年1月共有各类船舶99艘，其中包括快速预备役(RRF)船舶46艘;英国马岛海战中能够迅速动员、改装60多艘商船，在特混舰队远离本土8000海里征战中发挥了重要“浮动后勤”作用。俄罗斯具有一次性紧急运送10个师的装备和人员，其中三分之一依靠船队;韩进海运破产事件揭示出韩国22艘船舶按照战略储备运力建造。
当前局部地区地缘博弈更加激烈，传统安全威胁和非传统安全威胁交织，国际关系复杂程度前所未有。
我国海上地缘政治形势复杂性日益凸显，2015年《中国的军事战略》指出:“作为一个发展中大国，中国仍然面临多元复杂的安全威胁，遇到的外部阻力和挑战逐步增多，生存安全问题和发展安全问题、传统安全威胁和非传统安全威胁相互交织，维护国家统一、维护领土完整、维护发展利益的任务艰巨繁重。”提出海军按照近海防御、远海护卫的战略要求，逐步实现近海防御型向近海防御与远海护卫型结合转变，构建合成、多能、高效的海上作战力量体系，提高战略威慑与反击、海上机动作战、海上联合作战、综合防御作战和综合保障能力。
由于我国缺乏海外军事基地，远海行动能力严重受限，为坚决维护国家核心利益和合法权益，维持世界和地区和平稳定，应对各类突发事件，建设国防安全船队、加强和完善我国海上战略投送能力和体系更为迫切。
国家安全是国家最高利益，发展国防安全船队意义重大。应依据《中华人民共和国国防交通法》，按照军民兼用、国内建造、装备精良、能力充裕、中国海员、信息安全和保持绝对控制的原则，结合我国海上战略投送实际需求。
一是制定国防安全船队规划和标准，包括所需各类船型、数量和性能要求，企业和中方海员个人资质要求，以及信息通讯安全、运输和装卸功能、改装持续和自毁程序等等;
二是按照确保的原则和《中华人民共和国国防交通法》，对由于特殊功能而增加的造船费用由政府投入，由于日常运营、训练和执行任务增加的支出，由政府进行经济补贴，即保障国家安全需求，又兼顾企业经营效益。
三、建立协同发展机制，引导经济安全船队发展。
经济安全是以充分满足沿海运输，保障关系国计民生资源、能源国际运输可得性与经济性，有效应对集装箱班轮寡头可能出现的垄断行为的民用船队。
一是对于沿海运输，按照经贸大国实行国旗保护政策，对国内实行开放政策，通过市场竞争不断提高沿海运输服务水平。对于国旗船队无法满足的运输需求，可通过临时从国际市场租方便旗船参与国内运输，以保障经济社会发展;
二是对于国际海上运输，视国家军事打击力量和经济惩罚力量等综合国力而确定经济安全船队的规模，综合国力强，就由较强控制力，通过配置全球海运运力保障运输的经济性、可得性。在综合国力不足以与主要国家达成均衡的情况下，则应拥有相当规模的国际海运运力，保持较高的海运外贸进出口物资承运份额。
作为第一海运需求大国，需要积极引导经济安全船队建设。国家根据经济安全目标，以应对国际突发事件、地缘政治等因素可能导致的运输不可得性或不经济性(如2012年伊朗石油事件)为目标，形成专业化、规模化和有效控制经济安全船队。
一是全要素协同，提升海运权益。作为海运需求第一大国，应充分发挥我国产业链完整和政府宏观调控能力强的优势，构筑全要素协同机制，提供贸易、运输、装备制造、金融和信息服务整体优势方案，提高海运服务控制权(进口FOB，出口CIF)。
二是以市场为导向，通过必要的经济政策，在注重发挥央企在经济安全中作用的同时，激励各类资本投向经济安全船队建设，推动形成海运企业与大型货主企业以保本微利签订长期包运合同(COA)机制，保障关系国计民生的重要能源、资源国际运输承运份额。
三是形成集装箱全球承运人。作为集装箱运输需求最大的国家，在坚决反垄断经营行为的同时(如否决P3联盟)，应拥有全球承运人和一支强大的班轮船队，提高海运供应链的控制力和全球网络化服务水平，使贸易发展对全球供应链充满信心。四是“走出去”发展。在立足自身建设的同时，结合我国“走出去”和贸易多元化发展，与贸易伙伴、发展中国家组建联合船队，保障运输稳定性和经济性，稳定双方海运贸易。
四、完善船旗布局与政策，引导船舶登记发展。
船舶登记可分为严格登记与开放登记两大类，经贸大国、海运大国将船舶视为流动的国土，采用严格登记，对船舶所有人的国籍、船舶资产中本国资本所占的比例、船舶检验机构、船员配备、船舶建造地、船舶处置、国家征用、进口关税以及营运税收等方面都有严格的规定，这些规定一方面加大了船舶运营成本，另一方面使得船舶质押、交易、海员聘用和运营管理很不方便。
因此，经贸大国、海运大国对国旗船队发展也给予必要的政策支持，主要包括沿海运输权(CABOTAGE)、融资和运营补贴等。
一些国家(地区)将船舶登记作为一项业务而进行开放登记，是船舶取得国籍没有任何实质性限制的一种船舶登记制度，这类船往往也被称为方便旗船，世界三大方便旗船分别为巴拿马、利比里亚和马绍尔群岛，三大方便旗占世界的42.7%。
正是基于方便旗船舶在运营成本、交易中的便利性优势，二战后一直保持快速发展，1995年初方便旗船舶载重吨比重达到51.3%，尽管经贸和海运大国采取一定措施，鼓励国旗船队发展，但大都效果甚微，方便旗船队比重保持持续上涨趋势，至2017年初已经达到75.2%(如图1所示)。随着我国放弃货载保留政策，海运企业更愿意选择方便旗船以降低运营成本，方便旗所占比重由1995年初36.1%上升到2017年初的65.8%(如图1所示)。
针对这一趋势，为保持国旗船队稳定发展，一方面实行沿海运输权政策，在促进国旗船队持续增长发挥了主要作用;另一方面制定经济政策，鼓励国旗船队发展，如2007年7月1日开始实施“中资国际航运船舶特案免税登记政策”，2014年发布《老旧运输船舶和单壳油轮报废更新中央财政补助专项资金管理办法》，为国旗船队发展、结构调整发挥了巨大作用。
在看到国旗船队不断壮大、国际地位不断提高的同时，为保持对海运船队控制力，在继续鼓励国旗船队发展和中国香港旗的同时，应结合“一带一路”、“走出去”、全球码头运营商和全球承运人发展，参照方便旗船舶发展规律，择机选择与我海运关系密切的国家，合作发展，为世界海运发展提供新的开放登记制度。